5)病機
病機是疾病發生及變化的機理。本篇討論的內容包括發病的機制，導致疾病的原因，內在變化的機理及表現於臨床的證候等問題。因此，它的範圍是比較廣泛的。
古人對疾病的認識，是在醫療實踐中，通過長期的觀察與體驗，積累了豐富的知識和經驗；在客觀存在的臟象經絡疾病變化的基礎上，運用陰陽五行的理論來加以解釋、分析和總結，構成了祖國醫學的病理生理觀，其中特別突出和貫串了人體內在的統一整體觀念。
《黃帝內經》發病理論的闡述，非常清楚地說明了正氣不足是疾病發生內在因素，外邪是構成疾病的重面條件，外邪必須通過內在因素，才能發病的道理。在中醫治療外感疾病時，除了注意致病之邪以外，用藥處方主要著重在調整機體的功能，以增強抗病力量，就是從這個理論出發。
導致疾病的原因是多種多樣的，有風、寒、暑、濕、燥六淫之氣，七情過度，以及飲食勞傷等，在一定條件下都能使人發生疾病。所以《素問‧調經論》說：〝夫邪之生也，或生於陰，或生於陽。其生於陽者，得之風雨寒暑；其生於陰者，得之飲食居處，陰陽喜怒。〞由於致病病因的性質各有不同，所以在疾病過程中所表現的證狀也各有不同。因此，掌握不同病因的一般發病規律，對於臨床診斷治療，是具有重要意義的。